第一阶段：淮南之战
太元三年（378年）二月，前秦王苻坚派征南大将军、都督征讨诸军事、守尚书令、长乐公苻丕，武卫将军苟长和尚书慕容率领七万步、骑兵进犯襄阳，让荆州刺史扬杨率领樊州、邓州的兵众作为前锋，征虏将军始平人石越率领一万精锐骑兵出鲁阳关，京兆尹慕容垂、扬武将军姚苌率领五万兵众出南乡，领军将军苟池、右将军毛当、强弩将军王显率领四万兵众出武当，会合攻打襄阳。分三路合围襄阳，总计投入兵力17万。
四月，前秦的军队抵达沔水以北，梁州刺史朱序认为前秦的军队没有舟船，未作防备。等到石越率领五千骑兵渡过汉水，朱序才惊惶固守中城。石越攻克了他的外城，缴获了一百多艘船只，用来接运其余的兵众。长乐公苻丕统领众将领攻打中城。
慕容垂攻下了南阳，抓获太守郑裔，与苻丕在襄阳会合。襄阳守将朱序死守近一年后，于太元四年（379年）二月城破被俘。苻坚又派彭超围攻彭城，秦晋淮南之战爆发。谢安在建康布防，又令谢玄率5万北府兵，自广陵起兵，谢玄四战四胜，全歼敌军。谢安因功封建昌县公，谢玄封东兴县侯。
第二阶段：淝水决战
太元八年（383年）五月，桓冲倾十万荆州兵伐秦，以牵制秦军，减轻对下游的压力。
八月初二，苻坚派遣阳平公苻融督帅张蚝、慕容垂等人的步、骑兵共二十五万人作为前锋，任命兖州刺史姚苌为龙骧将军，督益、梁州诸军事。
八月初八，苻坚发兵长安，亲率步兵六十万，骑兵二十七万，开始大举南侵。
九月，苻坚抵达项城，凉州的军队到达咸阳，梓潼太守裴元略率水师7万从巴蜀顺流东下，幽州、冀州的军队也抵达了彭城，东西万里，水陆并进。阳平公苻融等人的部队三十万人，先期抵达颍口。
东晋面对大军压境，下达诏令，任命尚书仆射谢石为征虏将军、征讨大都督，任命徐、兖二州刺史谢玄为前锋都督，与辅国将军谢琰西中郎将桓伊等人，统帅八万兵众抵抗前秦。并让龙骧将军胡彬带领五千水军援助寿阳。共分三路兵马北上迎击前秦军。
十月，前秦阳平公苻融等攻打寿阳。十八日，攻克寿阳，擒获平虏将军徐元喜等人。慕容垂攻下了郧城。苻融进军攻打胡彬退守的硖石。前秦卫将军梁成等率领五万兵众驻扎在洛涧，沿淮河布防以遏制东面的部队。
苻坚自认为能速战速决，并派已是前秦尚书的朱序前去劝降谢石，朱序却私下提示谢石宜先发制人，击溃前秦的先锋部队。他说：“秦军虽有百万之众，但还在进军中，如果兵力集中起来，晋军将难以抵御。现在情况不同，应趁秦军没能全部抵达的时机，迅速发动进攻，只要能击败其前锋部队，挫其锐气，就能击破秦百万大军。”谢石起初认为秦军兵强大，打算坚守不战，待敌疲惫再伺机反攻。听了朱序的话后，认为很有道理，便改变了作战方针，决定转守为攻，主动出击。
十一月，谢玄派广陵相刘牢之率领五千精兵开赴洛涧，，揭开了淝水大战的序幕。秦将梁成扼守山涧布署兵阵迎击。刘牢之取得洛涧大捷，斩杀了梁成以及弋阳太守王咏，秦军折损十名大将及五万主力。又派部队阻绝了淮河渡口，歼灭前秦军队一万五千人，抓获了前秦扬州刺史王显等人。
晋军西行，与秦军对峙淝水。12月有人向苻坚建议后退决战。诸秦将认为阻敌淝水畔比较安全，但苻坚认为半渡而击可主动对决。
当秦军后移时，晋军渡水突击。朱序在秦军阵后大叫：“前线的秦军败了！”，秦军阵脚大乱，随后晋军全力出击，大败秦军。谢玄、谢琰和桓伊率领晋军七万，战胜了苻坚和苻融所统率的前秦十五万大军，并阵斩苻融。
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