清廷撤藩
康熙帝决定撤藩三藩。早在顺治死时，吴三桂拥兵北上入祭，兵马塞途，居民走避，清廷恐吴三桂生变，命其在城外张棚设奠，礼成即去。康熙帝亲政数年，深知朝廷中外之利害和前代藩镇之得失，曾说：“朕听政以来，以三藩及河务、漕运为三大事，夙夜厪念，曾书而悬之宫中柱上。”[康熙六年，吴三桂以目疾请解除总管云贵两省事务，以相试探。康熙帝命吴三桂将所管各项事务交出，责令云贵两省督抚管理。云贵总督卞三元、提督张国柱、李本深合词请命平西王仍总管滇黔事务。康熙帝以照顾吴三桂身体为理由，予以拒绝。
1673年（康熙十二年）三月，平南王尚可喜疏请归老辽东，留其子尚之信继续镇守广东。经户、兵两部和议政王贝勒大臣集议，认为如果尚之信拥兵留镇广东，跋扈难制，康熙帝遂诏令尽撤全藩。吴三桂和耿精忠得知不能自安，在同年七月先后疏请撤兵，以试探朝廷意旨。经户、兵二部确议，吴三桂及所部五十三佐领官兵家口应俱迁移。疏下议政王大臣会议，大学士索额图、图海等多以为三藩不可迁移。惟有刑部尚书莫洛、户部尚书米思翰、兵部尚书明珠等力请徙藩。康熙帝再命议政王贝勒大臣及九卿科道会同确议，画一具奏。诸王以下所见不一，仍持两议。康熙帝考虑到藩镇久握重兵，势成尾大，非国家之利；又以为吴三桂之子，耿精忠诸弟都宿卫京师，谅吴、耿二人不能发动变乱。遂下令三藩俱撤还山海关外。
吴三桂、耿精忠疏请移藩，实迫于形势，并非本意。吴希冀朝廷慰留，如明代沐英世守云南之先例。及撤藩命下，愕然失望，遂与其心腹聚谋，暗中部署兵马，禁遏邮传，只许入而不许出，并勾结他省旧部，又与耿精忠联络应和，准备叛乱。康熙十二年八月清廷命礼部侍郎哲尔肯等赴云南，户部尚书梁清标等赴广东，吏部侍郎陈一炳等赴福建，各持敕谕，会同该藩及督抚商榷移藩事宜。九月，清廷命陕西总督鄂善总督云南军务，宁夏总兵官桑额提督云南军务。此时吴三桂与其党正日夜加紧密谋。侍郎哲尔肯、学士傅达礼等既至云南，催促起行。吴三桂表面拜诏，而屡迁行期，反谋益急，而难于举兵之名。欲立明朝后裔以号召天下，但缅甸之役及杀害永历帝无可自解；欲行至中原据腹心之地举兵，又恐日久谋泄。是年十一月，吴三桂起，杀云南巡抚朱国治，拘捕了按察使以下不顺从的官员，发布檄文，自称“原镇守山海关总兵官，今奉旨总统天下水陆大元帅，兴明讨虏大将军”。佯称拥立“先皇三太子”，兴明讨清，蓄发，易衣冠，传檄远近，致书平南、靖南二藩及各地故旧将吏，并移会台湾郑经，邀约响应。云南提督张国柱、贵州巡抚曹申吉、提督李本深等随吴三桂反。云贵总督甘文焜在贵州闻变，驰书告川湖总督蔡毓荣，急走至镇远，被副将江义以兵包围，甘文焜自杀，三藩之乱由此开始。
自1673年（康熙十二年）十一月二十一吴三桂起兵叛乱。至1681年（康熙二十年）十月二十九吴世璠自杀，清军进入昆明，三藩之乱历时八年。其演变过程，大致可分为三个阶段。
起兵江南
1673年（康熙十二年）十一月至十五年四月。战乱不断扩大，吴三桂兵出三贵，进据湖南澧州、常德、岳州、长沙；清军云集荆州、武昌、宜昌，但不敢渡江撄其锋。孙延龄叛于广西，罗森、郑蛟麟、吴之茂叛于四川，耿精忠叛于福建，台湾郑经渡海进兵福建漳州、泉州和广东潮州，提督王辅臣又叛于宁羌，击杀清陕西经略莫洛。四方震动，人心动摇。康熙帝欲亲征，经议政内大臣密议谏止。清军东征西讨，顾此失彼。随后尚之信又叛于广东，总督、巡抚俱附之，清廷增兵两江。
天下响应
清政权统一大陆后，民族矛盾在全国范围内依然普遍存在；阶级矛盾这时已成为社会的主要矛盾；统治阶级内部矛盾也继续存在。因此，当吴三桂刚一举起反清旗帜，明皇室以及郑经集团、部分汉宫、汉兵和少数民族上层人士，一些地区的农民、奴仆都迅速做出反应。
此外，三藩举起反清旗帜后，四川的几个土司、苗民、察哈尔蒙古布尔尼、青海墨尔根台吉等少数民族也相继响应。
相持阶段
1676年（康熙十五年）五月至十七年七月。以王辅臣败降平凉为转机，形势向有利于清军发展。随后，因郑经部争据福建漳、泉、兴、汀等地，耿精忠腹背受敌，仓促撤兵请降。尚之信也相继投降。孙延龄又被吴世璠杀于桂林。于是，清军集中兵力进逼长沙、岳州，吴三桂聚众固守。两军在江西吉、袁二州、广东韶关、永兴和广西梧、浔二州及桂林等湖南外围要地反复争夺。清军将帅每多观望，旷日糜饷，在军事上仍处于相持阶段。
平定云南
1679年（康熙十七年）八月至二十年十月。1673年（康熙十七年），年已七十四岁的吴三桂在衡州称帝，国号大周，但未能改变叛军的困境。同年秋，吴三桂病死，形势陡变。叛军无首，众心瓦解。其孙吴世璠继承帝位。清军趁机发动进攻，从此叛军一蹶不振，湖南、广西、贵州、四川等地逐步为清军攻陷。但马宝、胡国柱等叛军仍困兽犹斗，节节顽抗；满洲将帅仍多迁延，以致时逾两年，清军才进逼云南，康熙二十年底，围攻省城昆明。吴世璠势穷自杀，余众出降，三藩之乱终告平定。
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